1993-cü ildə Ağdam rayonu ermənilər tərəfindən işğal edildikdən sonra muzey tamamilə dağıdılmışdır.Ağdam rayon Tarix-Diyarşünaslıq muzeyi 2001-ci  ildə yenidən bərpa edilərək  Qaradağlı kəndində kənd mədəniyyət evinin binasında 100 eksponatla fəaliyyətə başlamışdır. Muzey 3 otaqdan ibarətdir. Muzeyin yerləşdiyi otaqların  ümumi sahəsi 70m2-dir. Hal-hazırda muzeydə 1100 eksponat qorunur və nümayiş etdirilir. Muzeydəki eksponatlar rayonumuzun qədim tarixin, zəngin mədəniyyətin, qəhrəmanlığın özündə əks etdirir.  Muzeydə 9 nəfər işçi olmaqla 7 nəfər əsas, 2 nəfər texniki işçilərdir.